En 1973, durant la guerre du Vietnam, un soldat nommé Griffin Callenreese perd soudain la tête et se met à tirer sur ceux de son unité, faisant trois morts. C’est finalement son meilleur ami, Max Lobo, qui met fin au carnage en lui tirant dans les jambes. Lorsque le fou s’écroule, il prononce les mots « Banana Fish »…
1985, New York. Deux policiers, Charlie Dickinson et Antonio Jenkins, enquêtent sur une série de suicides suspects.
Le même jour, Ash Lynx rencontre un type mourant, poursuivi par ses propres hommes. Il lui remet un objet dans les mains tout en lui soufflant une adresse située à Los Angeles… Après cet événement, Ash se rend chez Papa Dino, afin de lui demander des explications sur le fait que des hommes à lui aient été chargé de tuer quelqu’un, ce qu’il n’apprécie pas du tout… A sa sortie, il croise Shorter, puis retourne à l’appartement qu’il partage avec Skip. Ce dernier le met en garde contre Arthur avant de quitter la pièce. Ash découvre alors une poudre contenue dans le pendentif que lui a donné l’homme croisé plus tôt, puis se rend auprès de Griffin, qu’il garde chez lui en secret.
Plus tard, il chasse de son gang les deux hommes qui avaient obéi à Dino Golzine sans passer par lui. Il réaffirme son autorité, et met notamment en garde Arthur qui, lui, ne rêve que de se venger d’Ash et de la mobilité qu’il a perdue aux doigts de sa main droite lors d’un combat au couteau.
Quant à Ash, il se rend chez le docteur Meredith, un gynécologue pratiquant des avortements clandestins, et ramasse des médicaments pour Griffin. Au passage, il lui demande d’analyser quelques échantillons de la poudre… Hélas pour lui, sa rencontre avec celui qui avait volé cet échantillon à Dino Golzine n’est déjà plus un secret, et ce dernier convoque Ash.
Pendant ce temps, Shunichi Ibe et Eiji Okumura arrivent à New York où ils sont accueillis par Charlie, Max étant en prison. Suite à une brève séquence où on voit Charlie rendre visite à Max et échanger avec lui des informations sur « Banana Fish », nous retrouvons Ibe et Eiji au commissariat, où Charlie leur présente Antonio et M. Norris, qui est inspecteur de la brigade des mineurs. Il leur explique longuement la façon de vivre des jeunes de rues sur lesquels Ibe souhaite réaliser son reportage.
Ailleurs, Papa Dino tente de faire avouer à Ash qu’il a reçu quelque chose de l’homme mourant, mais il fait semblant de ne rien savoir. Dino Golzine ordonne alors à Marvin de le faire parler, quel que soit le moyen utilisé. Marvin conclut également un accord avec Arthur afin qu’ils se vengent ensemble d’Ash.
Ash, justement, se doutant que son appartement serait fouillé, s’est rendu chez Meredith avec Griffin et Skip. Le médecin ayant obtenu d’Ash l’aveu que Griffin est son frère, il lui apprend que la drogue qu’il a prise au Vietnam devait être spéciale car il est rare que quelqu’un soit encore pris de flash-back (des crises où il est saisi de convulsions et marmonne « Banana Fish ») après plus de dix ans…
Plus tard, Skip va chercher Ibe et Eiji qui patientent, attablés avec Charlie et Antonio. Il les conduit auprès d’Ash ; Ibe tente vainement d’engager la conversation avec ce dernier, mais n’en apprend pas beaucoup, Ash ne se montrant guère causant. Cependant, alors qu’Eiji est en train de discuter avec Skip, Shorter surgit et prévient son ami de l’arrivée d’Arthur et de son ancienne bande. Presque aussitôt, le grabuge éclate.
Ash comprend au cours de la bagarre que la cible de l’attaque est Skip. Trop tard : celui-ci a pris la fuite en emmenant Eiji. Ils sont kidnappés, et Ash s’empare de la moto de Shorter pour se lancer à la poursuite des ravisseurs. Mais Arthur s’est allié avec Marvin ; voyant Skip et Eiji menacé, Ash préfère se rendre. Il se fait tabasser et enfermer avec ses deux compagnons.
Plus tard, en embobinant Marvin par la parole, Ash parvient à le défaire et à prendre la fuite. Malheureusement, ils se heurtent à une impasse. Eiji s’empare cependant d’un vieux tuyau et s’en sert comme d’une perche pour franchir le mur. Blessé mais résolu, il se précipite sur le premier téléphone public pour appeler les secours.
Au même moment, Shorter a découvert qu’Ash a été emmené sur les quais et s’y rend avec ses hommes. Quant à Antonio et Jenkins, après avoir examiné deux corps de la bande d’Ash ayant été trouvés dans la matinée (sans doute ceux qu’il a chassés, qui sont allés pleurer chez Golzine avant que ce dernier n’ordonne leur exécution), ils commencent à chercher Shorter avec Ibe mais apprennent qu’Eiji a été retrouvé et emmené à l’hôpital.